En 1940, Arnold Bersier est pressenti pour reprendre le poste de conservateur du musée cantonal de géographie, suite au départ à la retraite de Maurice Lugeon. D'abord d'accord sur les termes de la relations entre le musée et l'université, Elie Gagnebin et Arnold Bersier entrent vite en querelle. Ce dernier reproche à Gagnebin d'essayer de garder la main mise sur les agissements du musée, tout en faisant semblant d'être de bonne foi.
Cette affaire comprend différentes versions de l'arrangement entre le musée et l'université, ainsi que des correspondances entre Elie Gagnebin, Arnold Bersier, Maurice Lugeon, Paul Perret (conseiller d'Etat) et Robert Matthey (doyen de la faculté des sciences).